يسعى المؤتمر إلى توحيد الجامعات الفلسطينة جميعاً في أضخم تجمع علمي وطني أكاديمي لتحقيق الشراكة العلمية، وتعزيز أواصر العمل الجماعي وتعميم الخبرة وتوسيع انتشارها، كون أن الجامعات الفلسطينية تنبض بنبض المجتمع وتشخص تحدياته، فهي الحاضنة الأولى للعقول الأكاديمية، والداعم الأساس للبحث العلمي، والتقدم الفكري.